Rannsóknin hefur hlotið samþykki Vísindasiðanefndar og lögum samkvæmt verið tilkynnt til Persónuverndar.
Það er eðilegt að þátttakendur upplifi mögulega óöryggi í því að miðla viðkvæmum persónuupplýsingum um heilsufar sitt og lífsstíl. Skipuleggjendur rannsóknarinnar hafa þess vegna lagt mikla vinnu í að tryggja öryggi og persónuvernd þátttakenda. Svör við spurningalistum verða geymd í dulkóðuðum gagnagrunni við Háskóla Íslands og lífsýni verða einnig geymd á dulkóðuðu formi í lífsýnasafni Íslenskrar erfðagreiningar.
Niðurstöður rannsókna sem byggja á rannsóknargrunni Heilsusögu Íslendinga verða birtar í ritrýndum vísindatímaritum á alþjóðavettvangi. Nafnleyndar og persónuverndar verður ávallt gætt í hverri rannsókn sem byggir á gögnum Heilsusögu Íslendinga. Ekki á nokkru stigi rannsóknarinnar, hvorki í vistun gagna, úrvinnslu eða birtingu niðurstaðna er hægt að rekja upplýsingar til einstakra þátttakanda. Þetta eru grundvallarskilyrði rannsóknarinnar.